20种论文图表制作教程

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1.局部放大组合图表

在文献中，你可能会看到一种“局部放大”的组合图表，比如，在全基因组关联分析（GWAS）中，可展示部分染色体区域SNP与某个性状相关性的P value值，或者在细胞图谱中展示特定区域细胞亚群的分类信息。其实，使用ggmagnify包可轻松完成这类图表的绘制。

2.共Y轴组合图表

绘制方法很简单，只需绘制出多个单个图表，然后使用patchwork包进行组合即可，当然可将后面几个图表的刻度和标签进行隐藏。

3.“互作”配对热图

对于配对组合热图的绘制，可直接使用ggplot2绘制3个独立的图形，然后使用patchwork包将三者拼合在一起。如果不会R语言，可使用OmicShare的动态热图工具绘制两个热图，并调整成数据范围相同的渐变颜色条，然后使用Adobe illustrator绘制配对网络并拼合在一起。

4.“互作”配对气泡图

上文中介绍了绘制“互作”热图的方法，其实用类似的思路也可以绘制 “互作”网络泡泡图，如下图。

5.热图与气泡图的组合图

同样的方法，我们使用ggplot2和Ai (Adobe illustrator)也可以绘制热图与气泡图的组合图，如下图。

6.上下对称组合图

上下对称图表适合展示两组量纲不同却具有一定相关性的数据，如下图。图表的下部分表示一段时间内的降雨量（mm）变化，而上面部分则表示相应时段对应的蒸发量（m3/s）。

7.含热图的分子通路

经常有小伙伴问如何绘制结构式与热图的组合通路图，如下。绘制这样的组合图表，需要分别绘制分子结构式和热图，然后使用Ai（Adobe illustrator）将它们组合在一起，最后保存成画质更好的矢量图。

关于化学结构式的绘制，主要使用ChemDraw绘制结构式，绘制完成后，使用框选工具选中整个结构式，然后按住“Ctrl”键，拖动结构式即可快速复制出多个结构式，如下图，稍作调整后导出成矢量图，方便用于后续组合图的绘制。

8.双坐标轴图表

转录组测序后，往往需要用qPCR结果去验证，我们常常需要绘制双坐标轴图表进行比较，如下图，左侧的坐标轴对应Q-PCR的结果（柱状图），右侧的坐标轴对应RNA-seq的测序结果（折线图）。

9.密度线组合图

在展示和比较数据（比如基因的表达量、物种的丰度等）分布情况的时候，除了最为常见的箱形图和小提琴图，也可以试试密度线组合图。无需编程，只需使用Origin软件就可以轻松搞定。

如果觉得曲线不够光滑，也可以试试其他的曲线类型（默认为Kernel Smooth），比如改为Normal（正态密度曲线），调整后的效果如下。

10.分组组合散点图

上文为大家介绍过如何使用cowplot和patchwork两个R包进行组合图表的绘制，其实我们还可以使用gridExtra和aplot这两个R包绘制组合图表。

11.多图组合图表

除了R语言，使用常规科研绘图软件Graphpad Prism也可以绘制组合图表，例如，通过file/Merge命令，可将多个工程文件合并成一个。合并文件后，在Layouts选项下，新建空白的布局。回到原图，删除后面几个图的Y轴标题，并隐藏Y轴，即可获得同Y轴组合图表。

12.超复杂组合图

对于下图这类复杂的组合图，可分别绘制“主”、“上”、“右”三个图表，然后把三个工程文件merge成1个，使用Prism的layout功能将三个图表组合在一起，最后手动添加辅助线、图例即可。

13.对称组合条形图

“对称”条形图，如下图，主要用于两组数据的一对一比较，比如，比较不同通路富集到的上下调基因数量。

画法其实较为简单，只要将其中的一组数据的数值改为负数，无论用什么作图软件都可以。我这里介绍两种基于ggplot2的画法，除了单个数据的分组比较，还可以绘制两个不同数据的组合对称条形图（如下图）。

14.桑基图与气泡图的组合图

桑基图常用于展示关联数据间的流动规律，在气泡图左侧通过添加桑基图，可将每个pathway中的gene ID进行直观展示，从而实现更多维度的信息展现，如下图。

15.进化树与热图的组合

进化树的构建这里使用MEGA，调整完成后，导出PDF或SVG格式的矢量图。热图的绘制，可以使用OmicShare的动态热图工具，调整满意后下载图形，注意保存成svg格式的矢量图。

接下来需要在Ai（Adobe illustrator）中做后面的组合操作，先用Ai打开进化树图，并使用矩形工具添加渐变底色，用画板工具调整画板的宽度，使画板的宽度适合并排放入两个图，然后导入热图，对其进行对齐

16.漂亮的花瓣韦恩图

首先，使用ggVennDiagram包绘制韦恩图，保存成PDF格式的矢量图。然后用Ai（Adobe illustrator）为每个分组的“独有”区域添加相应的分组渐变色，并添加对应子集的OUT（或基因）数量，最后加上物种图形元素后的绘制效果如下。

(The Plant Cell, 2020)

17.高颜值的网络热图

使用OmicShare的动态网络热图工具绘制网络热图，调整满意后导出SVG格式图片后使用Ai（Adobe illustrator）进性了进一步美化，主要对分组标签的位置做了调整，并将连线两端的结点置于顶层，修改结点、图例中短线的颜色。最终的效果如下：

18.组合热图的绘制

使用OmicShare的动态热图工具绘制热图，使用常规作图软件绘制条形图，然后导出为PDF格式的矢量图。然后就可以在Ai（Adobe illustrator）中进行图表的组合了，并使用矩形工具和文字工具绘制分类图例，图例中的正方形可用吸管工具吸取注释颜色条的颜色。

当然，我们还可以选中条形图和注释颜色条后，使用重新着色图稿功能对配色进行进一步调整，最终的效果如下：

19.嵌套柱状图

对于“相互嵌套”的柱状图，一般来说适合这种图表的数据，需要满足一组数据的数值明显低于另一组。绘制方法是先使用Origin绘制分组柱状图，右键图层标签，选择快捷菜单中的Layer Contents命令，在Layer Contents窗口中点击Ungroup按钮取消两组数据的编组，最后使用Mini Toolbars快速修改单个分组“条形”的间距即可。

20.复杂局部放大组合图

前文介绍了如何使用ggmagnify、ggforce等R包对图表进行局部放大，但如果想让绘图结果更加精美一些，如下图，那就需要用到Ai（Adobe Illustrator）软件进行个性化绘制啦！